छोटी आंत का कार्य आमाशय से आए अर्द्धतरल भोजन (Chyme) का पाचन करके उसका अवशोषण करना है। यह कार्य आंत्र पेशियों की गतियों और एन्जाइम्स की रासायनिक क्रिया द्वारा संपादित होता है। ये एन्जाइम्स सिर्फ छोटी आंत से ही नहीं बल्कि अग्न्याशय द्वारा भी स्रावित होते हैं।